Город Подгородное находится на берегу реки Кильчень в месте впадения её в Днепровское водохранилище (река Самара), выше по течению на расстоянии в 2 км расположено село Перемога, выше по течению реки Самара на расстоянии в 4 км расположен город Новомосковск, ниже по течению реки Самара на расстоянии в 3 км расположен город Днепропетровск. Река в этом месте извилистая, образует старицы и заболоченные озёра.